代わりの休みが事前にわかっているか、勤務後どこに休みがくるかの違いです。振替休日の場合、勤務割表等により休日が事前に他の労働日と置き換えられて決定されており、割増賃金は発生しません。代休の場合は、事前に休日が他の労働日には置き換えられておらず、後日に休日が決定するもので、三六協定の締結が必要であり、割増賃金も発生します。