通勤とは、「労働者が就業に関し、住居と就業の場所との間を、合理的な経路及び方法により往復すること」をいい、質問のように通常の通勤手段をとらずに、自家用車で出勤したときでも労災法でいう「合理的な方法」であるという判断がされます。したがって、質問の自家用車での出勤であっても（会社への届出と違う経路であっても）通勤災害保護制度の適用については、問題ありません。